飼料工業(yè)常用的菌種有枯草芽孢桿菌、地衣芽孢桿菌、植物乳酸桿菌、嗜酸乳桿菌、醋酸桿菌、戊糖片球菌、產(chǎn)朊假絲酵母、釀酒酵母、黑曲霉和米曲霉等。常用的菌種是乳酸菌，芽孢桿菌和霉菌。

發(fā)酵飼料運用的菌種應(yīng)具有以下特性。

1. 對環(huán)境順應(yīng)性強且對所要處置的飼料原料作用要大。目前市場上的發(fā)酵飼料大多數(shù)是生料發(fā)酵，菌種要與飼料原料上的微生物競爭,所以用于發(fā)酵的菌種順應(yīng)力要強且可在發(fā)酵原料上更好的生長繁衍。

2.  菌種細胞及代謝產(chǎn)物對動物無毒無反作用。發(fā)酵飼料直接或配合應(yīng)用到動物上，自身或代謝產(chǎn)物有毒有害的菌種堅決不能用于飼料發(fā)酵。

3. 性能穩(wěn)定不易變異且對其他菌株無拮抗作用。菌種的穩(wěn)定性決定了發(fā)酵飼料的質(zhì)量能否穩(wěn)定，而復(fù)合式多菌種發(fā)酵劑的發(fā)酵效果好于單-菌種，但是其前提是復(fù)合的各菌種間無拮抗作用，拮抗只會消弱各菌種的活動和作用。