微生物肥料的功效是一種綜合性作用，一般不直接為農(nóng)作物提供營養(yǎng)元素，主要起間接營養(yǎng)的作用，歸納起來主要有如下幾方面。

增進土壤肥力

這是微生物肥料的主要作用之一。例如各種自生、聯(lián)合或共生的固氮微生物肥料，可以增加土壤中的氮素含量；多種溶磷、解鉀的微生物，如芽孢桿菌、假單胞菌的應(yīng)用，可以將土壤中難溶的磷、鉀分解出來，轉(zhuǎn)變?yōu)樽魑锬芪绽玫牧?、鉀化合物，使作物生長環(huán)境中的營養(yǎng)元素供應(yīng)增加。一些微生物肥料的應(yīng)用，增加了土壤中的有機質(zhì)，提高了土壤的肥力。

改良土壤結(jié)構(gòu)

微生物還能分泌產(chǎn)生大量的胞外多糖類物質(zhì)，如莢膜多糖、肽聚糖等。研究表明，這些有益微生物產(chǎn)生的糖類物質(zhì)，占土壤有機質(zhì)的0.1%，它們能與植物根系分泌物、土壤膠體等共同作用,形成土壤團粒結(jié)構(gòu)。此外，它們還參與腐殖質(zhì)形成，改善土壤理化性質(zhì)。

刺激作物生長

有些微生物肥料中的微生物還可分泌植物激素類物質(zhì)、維生素等，刺激和調(diào)節(jié)作物生長發(fā)育。例如，固氮菌等能夠產(chǎn)生多種活性物質(zhì)(生長素、環(huán)己六醇、泛酸、吡哆醇、硫胺素等)，固氮菌培養(yǎng)物中可檢測到吲哚-3-乙酸；熒光假單孢菌的所有菌株均能產(chǎn)生赤霉素和類赤霉素物質(zhì)，部分菌株還能產(chǎn)生吲哚乙酸，少數(shù)菌株能合成生物素和泛酸；叢枝菌根真菌能誘導(dǎo)牧草植株產(chǎn)生細胞分裂素(CTK)，改變脫落酸(ABA)與赤霉素的比例。

改善作物品質(zhì)

許多微生物肥料能改善作物品質(zhì)。根瘤菌固定的氮素能輸往籽粒，使得豆科作物籽粒蛋白質(zhì)含量提高。此外，一些蔬菜施用某些微生物肥料之后，能增加其中的維生素含量，降低葉菜類作物中的硝酸鹽含量，提高果菜類作物中的糖分含量等。