與其他肥料一樣，正確的施用微生物肥料才能發(fā)揮其肥效。微生物肥料的有效使用條件包括：

1、禁忌與化肥、農(nóng)藥、殺蟲劑等的合用、混用。

2、與所使用地區(qū)的土壤、環(huán)境條件相適宜。微生物菌肥在土壤持水量30%以上、土溫度在10～40℃、pH在5.5～8.5的土壤條件下均可施用。但是，不同微生物具不同的生態(tài)適應(yīng)能力，因而微生物肥料在推廣使用前，要進(jìn)行科學(xué)的田間試驗(yàn)，以確定其肥效。

3、對(duì)溫度、水分有一定要求。避免在高溫干旱條件使用。在高溫干旱條件下，生存和繁殖就會(huì)受到影響，不能發(fā)揮良好的作用。應(yīng)選擇陰天或晴天的傍晚使用這類肥料，并結(jié)合蓋土、蓋糞、澆水等措施，避免微生肥料受陽(yáng)光直射或因水分不足而難以發(fā)揮作用。此外，如根瘤菌、菌根菌肥料等對(duì)宿主有很強(qiáng)的專一性，使用時(shí)應(yīng)予考慮。