當(dāng)前用于發(fā)酵飼料生產(chǎn)的菌種主要有酵母菌、芽孢桿菌、乳酸菌和霉菌等幾類。這些種類微生物主要具有以下功能：能夠分泌大量的蛋白酶、纖維素酶、半纖維素酶等酶類，能夠快速分解底物，促進(jìn)營(yíng)養(yǎng)物質(zhì)的消化吸收；產(chǎn)生核苷酸、維生素等物質(zhì)，增加飼料的營(yíng)養(yǎng)成分和價(jià)值；能夠增強(qiáng)動(dòng)物的免疫力，提高動(dòng)物抵抗病原菌等的侵染能力。

乳酸菌在發(fā)酵飼料中是應(yīng)用的比較多的一類細(xì)菌，常見(jiàn)的有30多種，包括同型乳酸菌、異型乳酸菌、兼性乳酸菌和雙氣乳酸菌等幾類。其在發(fā)酵過(guò)程中能夠迅速產(chǎn)生乳酸，使發(fā)酵底物快速酸化，有效防止梭菌等有害雜菌的污染，抑制發(fā)酵底物變質(zhì)。在發(fā)酵飼料中應(yīng)用的酵母菌主要有20多種，包括釀酒酵母、假絲酵母、畢赤酵母等，在發(fā)酵過(guò)程中產(chǎn)生天然的酵母香味，增加飼料的適口性。應(yīng)用的芽孢桿菌有將近10多種，主要包括枯草芽孢桿菌、地衣芽孢桿菌、凝結(jié)芽孢桿菌、解淀粉芽孢桿菌和蠟樣芽胞桿菌等，芽孢桿菌在發(fā)酵過(guò)程中能夠產(chǎn)生大量的抗生肽，有效抑制一些病原菌的生長(zhǎng)繁殖。同時(shí)酵母菌和芽孢桿菌能夠迅速消耗發(fā)酵底物的氧氣，為乳酸菌的生長(zhǎng)繁殖提供厭氧環(huán)境，促進(jìn)乳酸菌的繁殖生長(zhǎng)。應(yīng)用的霉菌有將近10種，主要有黑曲霉、白地霉和米曲霉等，這些霉菌在發(fā)酵過(guò)程中能夠產(chǎn)生大量的纖維素酶、淀粉酶、果膠酶、蛋白酶、植酸酶等酶類，有效分解發(fā)酵底物，同時(shí)霉菌菌體蛋白也很豐富，可以達(dá)到20%~30%。

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